우리가 사는 현실세계와 딱 달라 붙어 있는 또 하나의 이상한 세계. 그것은 '반전세계'라 불리는 현실 세계를 지탱해 주는 세계이다. 이 세계를 지배하는 전설의 포켓몬 기라티나는 디아루가를 반전세계로 납치하여 공격한다. 감사 포켓몬 쉐이미는 덩달아 반전 세계로 끌려가고 만다. 한편 포켓몬 마스터가 되기 위해 여행 중인 지우와 친구들은 우연히 쉐이미를 만나게 되고, 꽃밭에 쉐이미를 데려다 주기로 하는데, 기라티나를 이용하여 반전세계를 손에 넣고, 현실세계를 파괴할 음모를 꾸미는 ‘제로’는 쉐이미를 차지하려고 하는데….